明太祖朱元璋建立明朝以后，大力强化封建专制朝廷集权，进一步加强了皇权对军权的控制，这是明代军事指挥系统的一个非常显著的特点。
清代达到了朝廷集权制度的顶峰，军队管理体系也日渐完备。清代在军队的训练制度、后勤供应、武官考核、军纪执行、军功奖赏及优抚政策方面，形成了完善的军政制度。
明初仿照宋元的枢密院制度，在朝廷设大都督府作为最高军事机构，节制内外诸军。
1380年，明太祖出于加强皇权的需要，下令改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，分领在京和在外各都司卫所。
同时，明朝又设立兵部，作为朝廷执政机构的六部之一。
五府只管军籍和军旅之事，而人事、调遣和政令发布之权则移交兵部，“凡武职、世官、流官、士官袭替、优养、优给”，各府移文兵部请选，“都司卫所首领听吏部选授”。
遇到战争，天子命将充总兵官，兵部签发“出兵之令”，调卫所军领之，“既旋则将上所佩印，官军各回卫所”。
这样，明代的军事就由五军都督府和兵部共同管辖，“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而无出兵之令。”两个机构“合之则呼吸相通，分之则犬牙相制”，便于皇帝的操纵和控制。
明代中后期，兵部尚书或侍郎有时可提督或协理京营戎政，直接掌握京营训练，五府官实际上变成了一种虚衔。
在地方，起初在各省府设立都卫，1375年改为都指挥使司。各都司设都指挥使一人，作为地方的最高军事长官，掌一方之军政，各率其卫所隶于五府，同时听命于兵部。
明初各省都指挥使与布政使、按察使并称“三司”，为封疆大吏”，而且品级、地位也比布、按官高，威权甚重。但在对内对外的战争中，朝廷照例派都督府官或公、侯、伯出为总兵官，事后还任。临时派遣的总兵官变为定设的官员，形成了镇戍制。
接着，在内地的军事要害地区也派总兵官镇守，独任一方之军务。都指挥使的地位因此日益下降，逐渐变成总兵官的下属。朝廷为加强对武臣的管理，又派文臣于各总兵官处整理文书，商榷机密，以至逐渐变为定设的官员。
巡抚往往加有提督军务或赞理军务、参赞军务的名义，总督更拥有总督文武、自总兵巡抚而下皆听其节制的大权，不仅地方的都、布、按三司归其管辖，连总兵官也必须听其指挥了。
明代针对卫所制订军卫法。一郡者设所，连郡者设卫。百户所下设两个总旗，每个总旗下设5个小旗，每个小旗有军士10人，大小联比以成军。全国的军队均按此制编入卫所，由百户、总旗、小旗等逐级率领。
明代的军饷，依靠“屯粮”、“盐引”、“民运”和“京运”4个途径来解决。
屯粮指由军屯士卒交纳的税粮；盐引指用盐引换取的商屯粮；民运指从民田上征收的税粮；京运指由户部太仓库拨付的存银。明代前期的军饷，基本上由屯粮和盐引解决。
明代建立后，明朝廷曾大规模推行军屯和商屯。开国之后，明太祖即“令军士屯田自食”，要求卫所军卒，一部分负责戍守，一部分从事屯垦。具体的戍守比例，开始没有统一的规制。
明初各都司卫所屯田数额高达90万顷。内地军屯“实收子粒，足以充军食之半”。屯粮不足的部分，由民运支付。
边地卫所，屯田军卒比例较少，屯粮缺欠较多，如由民运支付，路途遥远，运费很高，于是明朝廷又大力提倡商屯。
商屯就是朝廷利用对食盐的专卖权，招诱商人到边境地区出资募民屯田，把收获的粮食交给当地朝廷充作军饷，然后向朝廷领取盐引，到指定盐场支取食盐，贩卖获利。这就叫做“开中法”。
1371年定中盐则例，规定商人按道里远近，交纳三五石不等的粮食，可向朝廷换取100千克盐引。由于商屯的发展，明朝廷便可坐得资粮，以佐军用。
后来由于商品经济的发展，加上其他原因，屯田逐渐遭到破坏。
清代最高军权由皇帝掌握，皇帝年幼未亲政前，暂由摄政王代理。协助皇帝执掌军政机要的机构，雍正前是议政王大臣会议，后来是军机处。兵部名为朝廷军事领导机构，实权不大。
军机处成立于1730年。自成立后，取代了议政王大臣会议的地位和作用，进一步削弱了内阁的职权。直至1911年4月实行责任内阁制时，执政长达180年之久的军机处才被废止。
兵部成立于天1631年，入关后为管理全国绿营兵籍和武职官员的机构。八旗则主要由八旗都统衙门管理。军机要务由议政王大臣会议和军机处负责。后来改为陆军部。
清军平时训练因地而异。清太宗天聪年间亲率八旗演习行阵，是为清代皇帝举行大阅之始。后来皇帝每年亲巡塞外校猎行围，3年举行一次大阅典礼，在京师南苑、玉泉山、王家岭等地检阅京营八旗。
京营训练各有定制。如正黄、镶黄、正白三旗亲军，每月分期轮流训练骑射两次，步射4次。
八旗骁骑营每月习射6次。春秋两季还披甲练步射和骑射。春月分操两次，合操一次，秋月合操两次，仲春孟秋还要登城操习鸣螺。汉军每月练习鸟枪外，春秋月，每旗出炮手10位，在卢沟桥试炮五日。春秋两季，四旗合操4次，八旗合操两次，初冬，各旗演习步围。
绿营训练方法是沿自明代的旧法，以所谓连环法阵势为主。
其法是，每年秋季霜降日，绿营将弁率兵入教场，设军幕。中军竖起大旗于场朝廷，士卒披甲列阵肃立，统兵大臣传令合操，中军便扬令旗指挥，发炮3响，鸣角击鼓，步兵骑兵列队行阵，施放火枪，连环无间。
同时也表演长矛、短刀、藤牌等武艺。平时也有小操、大操、合操、试炮、巡察、步围、步行等制度。
分散驻防应差的绿营平时训练最少，巡抚标兵也如此，只得抽空训练。绿营鸟枪兵照八旗火器营进步连环之法操练，统兵官习射，习枪以迅速命中目标为度。
清代通过户部、兵部、工部的分工合作来解决军队的后勤供应。至于清军官兵及其家属的生活，主要靠其俸饷和旗地来维持，总的说来八旗待遇比绿营优越得多。
比如前锋、亲军、护军、领催、弓匠长月给银4两，骁骑、铜匠、弓匠月给银3两，皆岁支米48斛；步军领催月给银二两，步军1.5两，皆岁支米24斛；炮手月给银二两，岁支米36斛；由觉罗补前锋、亲军、护军者，月加银一两。
再如绿旗兵饷之制，京师巡捕三营，马兵月给银二两，步兵一两，皆月给米5斗；各省镇标马兵月饷银3两，步兵1.5两，守兵一两，皆月支米3斗。
清代对武官的考核5年举行一次，称军政。考核的目的在于整饬纲纪，黜陟将弁。凡遇军政之年，武职官员都要进行全面系统的考核，开列四栏，填注考语。
武官必须注有行止端方、弓马娴熟、管辖严肃、当差谨慎、不扰下属、给饷无虚等考语。军政考核后，提督、总兵贤者优叙，劣者罢黜，一切由皇帝决定。
清代的武官回避制度，是清朝廷为了防止官吏利用亲族、同乡、师生等关系，结党营私，破坏法纪的一项重要制度，在维护朝廷集权方面，曾发挥过积极的作用。
清代八旗兵和绿营兵的军纪，大致可以分为扎营、行军、战场三大类。
清兵扎营纪律规定：兵丁在营内乱走，高声说话，白天犯者，八旗兵鞭50下，绿营兵棍责40下；夜间犯者，若引起乱营，立即斩首。看守营门时，无故私放外人进入营地者，八旗兵鞭70下，绿营兵棍责60下。兵丁在营，敢在该管官面前妄行，或动作骄慢无礼者，罚以插箭游营，以示警示。
清兵行军纪律规定：兵行各按队伍依次而前，无论道路平坦窄狭，后队不得越过前队，违者，八旗兵鞭50下，绿营兵棍责40下，仍插箭游营。官兵沿途欺压民番，恃强买卖，掠财物，毁民房、淫污妇女者斩。
兵行遇有草地方，当陆续行走，如有不顾队伍混行，致践踏草者，八旗兵鞭100下，绿营兵棍责80下。
清兵战场纪律规定：战阵之际不遵号令者；归阵时回顾畏缩交头接额私语者；泄漏军机、私改密件者；将军、参赞大臣、领兵提督、总兵等官密议军情时私行窃听者；探信不实，贻误军机者；官兵杀良冒功者，以上所列当斩。
乾隆时又特定将帅军纪3条：统兵将帅苟图安逸，故意迁延，不将实在情形具奏，贻误军机者；将帅因私忿妒忌推诿牵制，以致徒劳兵力、空费军饷，贻误军机者；身为主帅，不能克敌，转布流言，蛊惑人心，倾陷他人，贻误军机者，以上所列拟斩立决。
清军将帅战功卓著者，由兵部复议奏请随时酌定。其他有功官兵，由统兵将帅造册报兵部后，兵部核实功绩，进行军功奖赏。
清朝廷视八旗为国家根本所在，实行一系列优抚政策，如增加兵额，恩赐饷米，官给马匹、器械，赎回旗地，免其借贷，赏给婚丧银两，天灾或大典皆赐银米，年老告退之官优给俸禄等。对绿营兵也有优抚，但同是优抚，八旗比绿营的待遇优厚。
知识点滴
努尔哈赤军纪之严明，到了近乎残酷的地步。
《满文老档》记载：1618年攻打抚顺时，一个叫阿奇的士兵，偷着抢了一只老百姓的鸡烧着吃，另有4个士兵跟着吃开了。被发现后，5个人都被处以死刑。
努尔哈赤率军战斗时，令每个兵士乘一匹马，还要再带上一匹马，一起向敌阵发起冲击。军中设有督战官，努尔哈赤手持红箭，在后面督战，发现有谁违背军令，就用红箭头射之，战斗结束，凡身中红箭者，一律严惩。
文章来源网络
