台北失陷，唐景崧逃回大陆，台湾不可一日无领袖。于是台南绅士们集会商议，决定推选一人为台湾民主国总统。刘永福以其战功和威望成为了唯一人选，但是他坚决不受。即使是散会后台湾绅士集资铸造了一颗台湾民主国总统印送来，刘永福还是执意不收印，他对台湾绅民说：“送印没有必要，也不重要，你们的心意我心领了。但是现在我们最重要的任务是要想尽办法赶走倭寇，保卫我们的身家性命和家园国土，我们绝对不能够落到日本人手里做牛马，我们的民族需要我们大家拯救。现在只要我们同心协力，大家有钱出钱，有力出力，壮大我们的队伍，强壮我们的军队和战马，日本人又有什么可怕的呢？” 在这个事情之前，大陆传来一条振奋人心的消息，那就是上海转来两江总督张之洞的来电：“俄国已认台自主，问黑旗尚在否？究竟能支持两月否？似此外援已结，速宜将此事遍谕军民，死守勿去，不日救兵即至也。” 黑旗军还在否？要坚守住，不要放弃，救兵马上就要来了！这对当时苦苦坚守的台湾民众来说，是一个多么好的消息！ 为此，刘永福心情非常激动，认定局势会有所变化，台湾不可能落到日本人手里。他后来还和台南文武百余人集会并歃血同盟，发誓共保台湾，并向民众发布告说救兵将至，台南人民听到后，一时间欢声如雷。 但是，刘永福失落了，台南民众失落了，所谓的俄国干涉不过是一厢情愿，而内地一些督抚答应去救援也一直迟迟没有行动。可叹刘永福多次派人回大陆拜见两江、浙闽、两广、直隶等总督，请求他们的援助，但都因为朝廷严旨禁止运粮械济台的政策限制而无功而返。就连当初发去“福音”的张之洞，最后也在朝廷的严诘之下改变了态度，任刘永福在电报里一再苦苦求助，最终还是爱莫能助，选择了袖手旁观。 历史留下了两封当初刘永福致张之洞的求援告急电报，足以见到刘永福当时锥心的困窘心情： 8月19日：“闽、粤饷无济，台南已无法可筹。民不许行，我公不救，兵民皆乱，福死何益？痛哭乞援，望切望速。……天地父母，只公一人，乞救福死，而拯民生。” 只有您一人，能救我们民众的生命，要快要快啊！ 8月22日：“今饷械俱绝，民兵将乱，何以战守？福死奚惜，恐屏藩一弃，各国狡然生心。天下仰我公一人，乞为大局计，痛哭流血，乞速设法救援，守走死生，望公一言为定。” 我死不要紧，但是您一定要为大局算计，设法救援！ 8月25日，张之洞复电刘永福说：“朝廷不得已割台，曾有旨召各官内渡，阁下自在其内。”张之洞的意思是，你放弃台湾，内渡回大陆吧。 10月2日，刘永福派易顺鼎从台南回厦门商借兵械，张之洞答复说：“台事奉旨不准过问，济台饷械更迭奉严旨查禁，此时台断难救。且事必不能密，万一泄漏，徒碍大局，朝廷必然震怒；且东洋必更加诘责要求，岂不所损更多？是欲为国家而反累及国家也。此事关系重大，务望权其轻重，速离厦门，免生枝节为要。” 乞求救援倒成为了节外生枝，如果事情泄露，朝廷震怒，还会引得日本人的责难，这是给国家添麻烦，你还是赶紧走吧。朝廷，已成惊弓之鸟，为列强是瞻，已腐化到了极点。 易顺鼎见事无可为，不禁长叹一声，道：“不意天子断送台湾如此之酷，全台亿万生灵从此遂无生路，冤哉！” 黑旗军此时有三难： 一是粮饷匮乏。行军打仗，粮草先行，要吃饭，要发饷银。但台南经济并不发达，根本无法承受战争所需要的物质供给，还好有本地民众的支持和将士们的理解，不然，黑旗军和义军早已溃散而去。 二是枪械弹药缺乏。黑旗军和义军的军械全靠内地供给，而朝廷禁止济台粮械，这给他们抗击日军造成了巨大的困难。 三是兵力不足，尽管有民众踊跃加入抗日力量，但和日军的优势兵力相比，差距实在太大了。 台湾仅存台南地区未被日军占领，若不是刘永福在此坐镇，台南恐怕早已陷入敌手。但是，黑旗军处境这么困难，到底能坚持多久呢？ 日军占领彰化后，在八月底即攻占了台中诸城，并开始进逼台南。 这时，桦山资纪给刘永福发来劝降书，劝告刘永福听从清廷的旨意，放弃抵抗。要是他愿意内渡的话，他将奏请日皇“待以将礼，送还清国；如部下将卒，亦当宥恕其罪，遣还原籍”。威逼利诱，又是老伎俩。 刘永福接信后，复书桦山资纪并斥责日本“弃好崇仇，无端开衅”，表示黑旗军要和台湾共存亡，“以守兹土，以保此民”，就算是死也不能抛弃国土这一道义。 日军劝降不成，便决定加大进攻的力度，并从本土抽调了第二师团及其他部队2万多人增援。 10月，日军以四万大军分三路向台南攻击。 10月9日，日军进攻嘉义县，驻守嘉义的黑旗军猛将王德标派士兵埋设地雷直达日营，炸死炸伤不少日军。日军惊恐之下，用巨炮猛轰嘉义城墙，王德标被迫率部退守曾文溪。 这个时候，曾文溪已经是台南府城的最后一道防线了。刘永福打算在这里率领黑旗军进行最后的抗御。 当时黑旗军和义军的兵力几乎全部在曾文溪集合，刘永福命总兵柏正材统率全军，兼统王德标七星队、徐骧、林义成、简精华等义军，总兵力大概四千余人。 曾文溪位于台南以北三十多里，溪的南岸有一长堤，高一丈多，北岸为沙地，此处的地势有利于防守。但是黑旗军兵少将寡，装备不齐，战士们饥肠辘辘，面临绝境。 10月19日凌晨，大批日军开始向曾文溪前进。 四千名黑旗军和义军严阵以待，双方在此展开最后的殊死奋战。 在大炮的掩护下，日本步兵一步步接近黑旗军的阵地。日本在炮火上占据了绝对优势，由于力量实在过于悬殊，黑旗军和义军的阵地相继被攻克，将士们最后只能和敌人展开白刃战。 义军统领徐骧率先锋营与敌步战，拼杀在前，越战越勇，可是不幸头部中弹，血流满面。他仍旧跃起大呼：“丈夫为国死，可无憾”！但最终还是不支倒地，英勇殉国。 国土不保，家园既失，何以家为？时人评价徐骧说：“蓬荜下士，闾阎细民，而能提三尺剑奋袂以兴，弃父母，捐顶踵，以为国家争尺寸之土。若徐骧人者，尤可敬矣！” 由于实力过于悬殊，黑旗军和义军在曾文溪之战中损失惨重，死伤无数，总兵柏正材在战斗中阵亡，王德标最后下落不明。 事实上，此役已经是黑旗军保卫台南的最后一战，台南府城已完全暴露在日军的面前。 此时的刘永福，这位当年在越南战场上叱咤风云的抗法传奇英雄，已经是山穷水尽，没有别的办法可以再想了。眼看外援无望，粮饷告罄，曾文溪之战又遭沉重打击。就像当时一些人所说，哪怕诸葛孔明再世，恐怕也不能挽救大局了。刘永福仰天悲呼：“内地诸公误我，我误台民！” 多么沉重的负罪感！被人误，又误广大台民，刘永福可悲可叹！兵穷食尽孤城在，空使将军唤奈何！ 日本的劝降接踵而来。10月20日，当日军准备以两师团之兵力围攻台南城之际，刘永福弃台南城军民内渡中国厦门。 刘永福弃职逃亡后，台南当地士绅便推举英国牧师巴克礼请求日本军队和平进城协助维持秩序。 而同一天刘永福搭乘的英国轮船也被日本截获，但因不符合国际公法（在厦门近海属于中国领海），经过英国外交施压后，日本被迫放走刘永福，史称“1895年台海登船临检事件”。 10月21日，日军顺利进入台南城，日方认定台湾民主国已经灭亡。同时，日方称北白川宫能久亲王因疟疾在送回日本治疗，并于11月初暴毙身亡。 日本人并没有结束他的残暴行为。10月23日，历经千辛万苦的日军总算得以武力控制台湾，被刘永福放弃的8000多名清军和3000多名黑旗军在群龙无首下慌乱投降，被日军虐待（屠杀1000多俘虏并在缴械后到遣返一直都没有给予水跟食物，又饿死160多人）。 刘永福回到厦门后，很快便回到广东之钦州。刘永福孤军守台南数月，最后失败内渡，世人都对之表示理解和敬重。 10月27日，桦山资纪发布告示称台湾全岛已经全部被平定下来。但是还有些地方死灰复燃，零星的抵抗时有发生，大多是各地义军在崇山峻岭之中时不时地袭击日军。整个侵台过程持续了5个多月的时间，这5个多月里，日军共有3万多人死伤或罹病，其中死4600多人，包括日军近卫师团长和第二旅团长均死于台湾。 1896年3月，日本颁布《台湾总督府条例》及相关条例，在台湾建立了总督独裁的殖民统治。为了更好的控制台湾，日本又在建立了无孔不入、无所不包的警察制度，日本警察遍及台湾的各个角落，使台湾成为一个名副其实的警察社会，最多的时候，全台各类警察机构达到1500多处，警察有18000人，将台湾变成了最好的“殖民试验地”。但是，台湾民众的反抗一直不曾停止。 反抗与斗争 虽然桦山总督宣布已平定台湾，但台湾各地方的日军与台民的武装小冲突仍此起彼落。先前第二师团主力由枋寮往台南前进时，虽然曾在茄�{脚、头沟水庄的左堆义军有过步月楼战役，但当时急于进攻台南，并未特别注意到下淡水溪左岸平原的六堆（此时实际只剩五堆）客家抗日势力。 台南陷落后，六堆客家军分别在十月底及十一月初于潮洲寮庄（今屏东县潮州镇潮州）、顶子林庄（今屏东县万丹乡顶子林）袭击日军侦察队。 其后凤山地方守备队侦察得知抗日军动向，第二师团长遂下令以凤凰山守备队（东北抽调来接替精锐部队禁卫师团防务的普通部队）为主干，编成一支队以追剿六堆抗日军，由山口素臣少将担任队长。 11月26日正午，山口少将下令全力攻击位于火烧庄（今屏东县长治乡长兴村）的六堆客家军大本营。 日军以较为优势的武器及火力击退六堆客家军，并放火烧毁邻近各部落，至傍晚返回阿猴街，至此火烧庄战役结束，此即为乙未战争最后一场战役――火烧庄战役。经该役后，日军完全摧毁六堆地区抗日力量。 这场战斗日军出动步兵两大队（1020人）、骑兵一小队（70人）、炮兵两中队（222人）、工兵两小队（140人），共1432人，而六堆去掉左堆2000人还有10000人的兵力，但是毕竟未受过军事训练且缺乏重武器最后仍战败。 在台湾南部发生火烧庄战役之时，台湾北部亦同时发生抗日武装冲突，11月25日台北附近民勇便分别在三角涌、宜兰、瑞芳、景尾（景美）、八芝兰（士林）及桃仔园（桃园）等地起义。特别是早期抵抗日军最激烈的大����（今桃园大溪）风云再起，由江国辉、吕建邦及李家充领所率之抗日义军最令日军疲于奔命。 1896年元旦当天胡阿锦、陈秋菊、简大狮等人集众合攻台北城，但仍以失败告终。 各地残留义军持续抗争。简义苦战而降，但手下军队并未气馁，共推柯铁虎为首领继续抗战，继承铁国山的军号跟日本长期周旋。林少猫虽然组织民兵两千人（含七百布农族兵）准备抗日，但在1895并未出动，形成一股割据势力，并在日后发动了大规模的屏东反攻战。 因原住民剽悍又熟悉地形，日本人此时仍无法控制原住民所在地区，但在日后发动了长达十九年针对的布农族的武装冲突。
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