在绝对专制主义集权的皇帝之下，清代的中央机构有内阁（实权在军机处）、六部（吏户礼兵刑工）和院寺（都察院、大理寺、理藩院、翰林院、太仆寺等），分别执行皇帝的命令。在地方，清代则设有行省和特别行政区。省下设道、府（或直隶厅、直隶州）、县（或厅、州）；每省设巡抚（无巡抚，则由总督兼），每一省或数省设总督。总督、巡抚之下，设布政、按察、学政、道员等官。特别行政区分顺天府（京师及近畿），盛京、吉林、黑龙江（满洲发祥地，光绪时改行省），藩部（新疆蒙古西藏）和土司四类。各省（或数省）的总督、巡抚、将军（发祥地等），参赞大臣、办事大臣、驻藏大臣等要员，都是皇帝的心腹、亲信，直接听从皇帝的指挥。州、县以下，乾隆时更加厉行保甲法：不论城乡，每十户立一牌头，十牌立一甲头，十甲立一保长。每户门上悬挂一牌，上书户主姓名丁数，同时登入官府册籍，厂、窑佣工和佃户，也附于牌甲之末或本户之下，如有反抗事件，一并连坐治罪。总之，控制得非常严密。
为了镇压人民的反抗，清朝皇帝又将八旗兵分散驻扎在北京、近畿和全国各地。有人统计：畿辅25处，东北44处，新疆8处，内地20处，都有八旗兵驻防。此外，各省还驻有绿营兵（汉族），西藏还设番兵（藏族），黑龙江则还设索伦兵。谁想反抗，就马上会受到无情的镇压。
清朝统治者还集历代刑法的大成，颁布了严酷的刑律。顺治三年（1646），朝廷颁布过《大清律》。乾隆皇帝时，又重修律例，制成了《大清律例》，分律目、名例、刑律、总例、比引等条例凡47卷、226门，《名例》律中载有所谓“十恶”，规定犯了”谋反”、“谋大逆”等罪，任何赦令也不得宽免，连满族权贵也毫不例外。这就更突出地保障了至高无上的皇权。
但是，康熙、雍正、乾隆三个皇帝都知道知识分子不进考场，讥刺朝政，对自己的统治不利。因此，他们一方面告诫皇族继承努尔哈赤、皇太极的政策，见了大学士行半跪礼，称“老先生”，如果这大学士还兼着“师傅”，就称之为“老师”，自称“门生”或“晚生”（这种规矩，一直延续到咸丰皇帝死前）；一方面大搞正规的科举活动，不断罗致文人士子加入为清朝服务队伍的行列；另一方面，还特开博学鸿词（康熙时叫鸿“儒”，乾隆时改鸿“词”）科，把那些自命遗老或高才、标榜孤忠或写些诗文发泄牢骚的文人，或不屑参加科考而隐居山林却又有些威望的隐士，由大臣或地方官疏荐上来，皇帝直接面试，授给一定的官职，以便使他们就范。
“博学鸿词”科名，唐宣宗的时候已经有了。宋高宗绍兴三年（1133）又在南方搞过，但都名堂不大。康熙十七年（1678），康熙皇帝下诏说：
自古一代之兴，必有博学弘词以备顾问著作之选。朕几余之暇，留心文翰，思得博洽之士用资典学。如有学、行兼优，文词卓越之人，不论已任未任、京内京外，各举所知，朕将亲试录用。
第二年，在京三品以上及科道官员，在外督、抚、布、按及学政等，一下就荐上来一百八九十人有的书说一百四五十人。，由户部赏给月俸，由皇帝赐宴，然后齐集体仁阁考试诗赋，大金榜取中一等朱彝尊等20人、二等毛奇龄等30人，各授了翰林院的官职。考中的这50人，自然感激皇恩、春风得意，落榜的百余人，也无面目自命遗老孤忠、讥刺朝政。因此，康熙皇帝这一招，的确对清朝的稳定、皇帝的集权有利。雍正皇帝于是也学着康熙皇帝的样子，于雍正十年（1732）下诏征荐，但还没来得及实行，他就于十三年（1735）死了。乾隆皇帝算是清朝第二次开科。乾隆元年（1736）九月，试被荐者176人于保和殿，首场以经解史，次场考诗赋，取中刘纶、齐召南等15人。次年在体仁阁考试，又录取了四人，各自授官有差。乾隆十四年（1749），还通过明经科目的考试，录取了顾栋高等四人，都授予国子监司业的官。顾等因年老，尤其被乾隆皇帝宠眷。顾栋高年老辞官时，乾隆皇帝亲自书写了两首七言诗加以褒美；后来，乾隆皇帝下江南，又亲赐御书，越两级封他为国子监的祭酒官。乾隆三十年（1765），乾隆皇帝谕曰：“儒林是史传所必须写入的，只要是经明学粹的学者，就不必拘泥于他的品级。像顾栋高这一类人，切不可使他们湮没无闻呵！”于是，史馆里特别设立了《儒林传》的名目，来专门编写大知识分子的学术和生平。乾隆皇帝还叫齐召南常侍左右，后来，提拔他做了礼部的侍郎。
康熙、雍正、乾隆等帝，除了在北京招试“在野翰林”外，在巡视外地时，也随时注意搜罗。康熙皇帝南巡江浙，就召试诸生73人。乾隆皇帝下江南，也召录了85人；在巡视山东、天津和五台山时，召录了42人。
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