作为新兴地主阶级的政治代表，商鞅坚定不移地对现存制度进行变革与创新，从而促进了战国时代的历史进程，改变了国家制度，创新了新兴地主阶级国家体制 中各项政治、经济制度，顺应了时代的潮流，为秦国立下了万世功勋。但是，商鞅变法是一场巨大的政治和经济体制改革，它在给秦国新兴地主阶级和中下层民众带 来政治地位和经济利益极大提升的同时，也给秦国宗室贵族带来了类似于“灭顶之灾”的政治与经济恐慌。
如前所述，变法伊始，秦国宗室贵 族就意识到商鞅变法将会削弱他们的政治特权和经济利益，因此，作为秦国宗室贵族利益集团的代言人，秦国的老臣甘龙和杜挚从一开始就从理论上对商鞅的变法进 行了驳难，虽然商鞅在秦孝公的支持下，据理以争，援理而论，战胜于朝堂之上，但是，作为一个掌握国家权力的政治集团，他们是不甘心于自己政治、经济权力被 剥夺。当商鞅第一次颁布新法之后，秦孝公的儿子嬴驷有两个老师，一个叫公子虔（qián），一个叫公孙贾，他们串连了上千人“言令不便”，反对新法，诽谤 商鞅。
面对来势汹汹的反法浪潮，商鞅沉着冷静，分析问题，抓主要矛盾，他认为“法之不行，自上犯之”，所以，要从根本上解决问题，必须抓“上”，非“杀猴给鸡看”不足以平息反对变法风波。
这时，恰好秦太子嬴驷因为年幼无知，犯了新法。于是，商鞅抓住太子触犯新法的机会，树立执法的尊严。他不管太子是国君的继承人，是自己的下一任领导，勇 敢地接受了这一强力的挑战，果断地依新法处罚了监督太子行为的老师公子虔，用墨刑（用刀在面额上刺字，再涂以墨）处罚了给太子传授知识的老师公孙贾，致使 公孙贾八年不敢走出家门。同时，商鞅还在渭河畔上处死了700多个反对新法的旧贵族，据说当时刑场上的血都把渭河里的水染红了。商鞅刚性执法的行为极大地 震慑了宗室贵族的守旧势力，同时也使秦国人民感到了新法的严酷和无情。据史书记载，从处罚太子师傅的第二天起，国内就再没有人敢故意以身试法，秦国人无论 贵族还是平民，都自觉地遵照新法行事，不敢有半点懈怠和一丝一毫的侥幸心理。
新法实行了10年之后，秦国出现了“道不拾遗，山无盗 贼，家给人足。民勇于公战，怯于私斗，乡邑大治”的局面。这时，当初那些认为新改的法令不好的人，又出来大大地称赞新法的好处。这本来无可厚非，也符合人 们的认识规律，但是，商鞅却认为这些人“此皆乱化之民也”，并且给予这些人全部迁徙到边地的惩罚。
商鞅此举是什么用意呢？
商鞅的真实意图是，让民众不敢对国家的法令说三道四，也就是让秦国的民众成为法的奴隶，盲目绝对地服从和执行法律的规定，唯法是从，唯法为大。商鞅用 “严刑峻法”来推行新法的做法，对新法的实施的确是起到了极大的积极作用，也使得秦国的变法比其他六国的变法来得更彻底，取得成就也最大，但是，唯法、尚 法的做法，也使得商鞅的变法及其个人，具有了不近人情、刻薄严酷的反人性色彩，为其他六国及后人所诟病。特别是在第二次变法的实施过程中，商鞅又因为太子 的师傅公孙虔的犯法，而处其“劓”刑，即割掉鼻子的刑罚，使得秦国的宗室贵族人人如履薄冰，所以秦国的宗室贵族中的守旧势力把矛头全部对准商鞅，人人都欲 置商鞅于死地而后快。据《战国策·秦策一》记载：面对国内反对势力的仇视和愤恨，商鞅本人也非常害怕，每次出门，都要用数十乘兵车和全副武装的卫士保护 他。
但是，商鞅对此却没有清醒的认识，秦孝公病重期间，他掌握了秦国军政大权，独断专行，使秦国内部权力之争更加激化，而且把所有的 矛盾都集中到自己身上。这时，商鞅有一个叫做赵良的朋友前来见他，商鞅劝赵良留在秦国，和他一道为秦效力。赵良坚辞不就，并且分析商鞅实行变法以来的所作 所为，是“相秦不以百姓为事，而大筑冀阙，非所以为功也。刑黥太子之师傅，残伤民以峻刑，是积怨畜祸也。”目前的处境是“危若朝露”，劝商鞅归还封邑于 秦，回到鄙那个地方去，灌园浇菜，避祸延年。如果不这样做，那么就应该“劝秦王显岩穴之士，养老存孤，敬父兄，序有功，尊有德”，这样做，还有可能安享尊 荣。如果一味地“贪商於之富，宠秦国之教，畜百姓之怨”，那么，一旦秦孝公王撒手西去，秦国的宗室贵族们收拾起商鞅来就是小菜一碟。可是，商鞅还是不听， 继续掌握朝政，以严刑峻法处理国事。
公元前338年，秦孝公死去，太子驷即位，即秦惠文王。商鞅的命运果如赵良所预料的那样，失去了 秦孝公的强力支持，他就成了笼中猛虎，刀下鱼肉。为了除去商鞅，报仇泄恨，和公子虔有着相同命运、受过商鞅惩处的人就诬告商鞅谋反，秦惠文王下令逮捕商 鞅。商鞅听到要逮捕他的消息，心中非常害怕，就连忙逃往函谷关外。夜间，商鞅准备到一家客舍休息，但是客舍的主人不知道他就是商鞅，对他说：“按照商君的 法令，收留没有官府凭证而要住宿的人是要连坐的，你没有凭证，我不能留你住宿。”商鞅听罢，长叹一声说：“唉，真没想到制定法令的弊病竟然严重到这种地 步！”
商鞅逃离秦国之后，来到魏国，魏国人因为他曾用欺骗的手段抓了公子�n，击溃了魏军，所以对他早已怀恨在心，魏国君臣没有一个愿 意接受他。商鞅一看魏国无法立足，于是就又想到其他国家去，谁知魏国人仍然不放过他，四处散布流言说：“商鞅现在是秦国的敌人了，秦国强大而秦国的敌人进 入魏国，那是会招来战争之祸的，万万不能留他！”商鞅在魏国无处存身，又无路可走，只好逃回他的封地商邑。据说商鞅不甘心坐以待毙，他和他的部下组织了一 批私兵人马往北去袭击郑，也就是今天陕西省华县这个地方，藉以抵抗秦军，以求自保。商鞅出兵袭郑，正好给了欲置他于死地的那些人以口实，于是，秦惠文王便 发兵讨伐商鞅，商鞅的军队寡不敌众，很快覆亡，商鞅也在河南渑池那个地方被秦军抓获。秦惠文王以“车裂”的残酷刑法处死商鞅，并把他的尸体拿来示众，同 时，商鞅的家人也遭到了他自己制定的刑律——连坐的惩罚，被全部杀掉。
关于商鞅的死，司马迁认为是商鞅的刻薄少恩和滥用刑罚所导致 的，历史上传统的评价亦大多类似，更有人把商鞅无凭证不能住宿和受五马分尸之刑编成“作法自毙”的成语，以示商鞅变法种种是自掘坟墓。当然，也有人认为商 鞅的强力变法是为了秦国的国富兵强，为其后秦帝国的崛起奠定了坚实的基础，功莫大焉，却遭到身死族灭的下场，秦之对于商鞅实在是太不公平。其实，处死商鞅 是秦惠文王处理秦国国内政治危机的一个最佳的选择，也可以说是一个唯一的选择。商鞅变法的一个核心内容是集权，削弱原来贵族阶层的权力，而强化王权。这种 集权符合了秦王的利益，但却损害了一大批宗室贵族的利益。作为新任的国君，如何取得秦国宗室贵族的支持，稳定和巩固其君主地位是秦惠文王上任之后亟待解决 的问题。秦惠文王要解决政治危机，就必须杀死商鞅以抚平贵族群体的强烈不满。
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