起义口号既出，时间也已经基本确定，张角便开始紧张有序的起义准备工作。
张角本打算让大方首领马元义等先集结荆、扬二州的信徒， 在邺城（今河北临漳）会师后起事，力求在京师教徒的接应配合下，一举攻占京师。为达到这一目的，马元义往返于洛阳、邺城之间，拉拢了中常侍徐奉、封��等， 让徐、封二人在内接应，并把最终起义的时间确定为公元184年的3月5日。
没想到，就在起事前一个月，张角的弟子、济南人唐周突然叛变，向官府告密，使起义计划完全暴露。马元义被朝廷逮捕，车裂于泾阳。朝廷内外，不论官员、禁军将士还是普通百姓，只要是太平教的信徒，全部被捕入狱，一千多人被处死。全国范围内的镇压行动开始了。
鉴于当时形势危急，张角果断下令各方立刻发动起义。起义虽然十分仓促，但由于有着十余年的长期准备，所以“七州二十八郡，同时俱发”，几天之内，得到天下响应。起义军头裹黄巾，所以被称为“黄巾军”。
起义开始后，张角自称“天公将军”，其弟张宝为“地公将军”，张梁为“人公将军”，以冀州地区为中心展开活动。张曼成带领南方义军，以南阳为中心进行活 动。颍川、汝南一线，是由波才、彭脱领导东方的主力。各地起义军从北、南、东三个方向向洛阳进逼，形成重重包围的趋势。
黄巾军起兵后，其战斗精神尽管十分高，烧官府，杀官吏，攻破州郡坞壁，州郡长官纷纷败逃。一时之间，各地的黄巾军像风暴一样气势凶猛，东汉统治者为之震动。但是黄巾军还是不足以推翻腐朽的东汉王朝，因为东汉政权的上层统治并没有从根本上被破坏。
为了对付黄巾军的进攻，灵帝任命何进为大将军，统率左右羽林军以及屯骑、越骑、步兵、长水、射声等五营将士，驻扎于都亭，守卫洛阳。在洛阳附近，设置了 函谷关（今河南新安东）、太谷关（今河南洛阳东南大谷口）、广成关（今河南临汝西）、伊阙关（今河南洛阳南）、辗辕关（今河南偃师东南）、旋门关（今河南 ��县东）、孟津关（今河南孟津西北）、小平津关（河南孟津东北）等八关都尉，分别统率自己的兵马，驻守一方，保卫洛阳。
汉灵帝召集群臣商讨应对之策。北地郡太守皇甫嵩提出应把禁止党人做官的禁令解除，从而团结扩大自己的力量；并将皇帝私人所有的中藏府钱财以及西园厩中的良马，赏赐给出征的将士。
灵帝又问中常侍吕强应该怎么办，吕强说：“对党人的禁令已经很久了，人们一直不满，如果不将党人赦免，他们将很容易和张角联合起来，叛乱之势便会更趋扩 大，到那时，后悔也来不及了。如今，皇上应首先处死那些贪赃枉法的官员，并且释放所有的党人，还要对各地刺史、郡守的能力进行全面的考查。要是这样做，叛 乱就能平息了。”出于对黄巾军强大势力的惧怕，灵帝不得不接受了吕强所提出的建议。于是大赦天下党人，已经被流放到边疆地区的党人及其家属都可以重返故 乡。与此同时，集合全国各地的精兵，派遣北中郎将卢植讨伐张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱�y讨伐颍川地区的黄巾军。
波才领导的颍川 起义军，彭脱领导的汝南起义军和阵地（今河南淮阳）的黄巾军在洛阳东南的豫州地区活动特别活跃。波才起兵攻占颍川郡以后，下一步目标直指京城洛阳，对东汉 统治阶级构成了非常大的威胁。汉灵帝紧急调动左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱�y率领四万人马，兵分两路，杀奔而来。朱�y先与波才交锋，被波才打得大败。波才率 军继续追击，又将皇甫嵩所部包围于长社（今河南长葛东北）城中。按说黄巾军兵多将广，作战英勇，长社小城不日即可攻下。可是，由于波才的军事经验不足，犯 了兵家依草结营之大忌，反被皇甫嵩纵火焚烧了大营，结果，起义军反胜为败。随后朱�y率部重整旗鼓，汉灵帝又派来了曹操部队增援，起义军受到内外夹攻，数万 战士战死疆场，最后失败。波才突围而出，撤到阳翟（今河南禹县境）后，被追杀。过了不久，陈国、汝南、东郡的起义军也遭到了朝廷的残酷镇压。
张角领导黄巾军在巨鹿誓师起义后胜果累累，他与张宝、张梁兄弟三人各自率领人马向官军发起了猛烈进攻，不久，冀州的大部分地区便被占领了，大有南下、西 进攻取洛阳之势。汉灵帝对此十分害怕，在将皇甫嵩、朱�y派往颍川的同时，把北中郎将卢植派往冀州，征讨张角领导的黄巾起义军。卢植接连打了胜仗，杀死了一 万多黄巾起义军。张角改变了方针，率起义军固守广宗（今河北威县东），以便凭借坚城寻找时机。卢植让士兵垒筑围墙、开挖壕沟，制作云梯，准备攻城。张角十 分被动。恰在此时，卢植与宦官发生内讧，宦官们陷害卢植不全力进攻只知静候观望，汉灵帝也对卢植久久不能战胜张角而十分恼怒，将卢植用囚车押回京师问罪。 汉灵帝改派东中郎将董卓掌管冀州军事。董卓是一介武夫，没有多少军事才能，来到冀州后不久，便被张角领导的起义军打得溃不成军，成为起义军的手下败将，被 汉灵帝革职查办。
中平元年（184年）六月，皇甫嵩镇压了颍川、汝南等地的起义军之后，汉灵帝急令他前往冀州镇压起义军。这时，黄巾 军首领张角因病去世，冀州起义军一分为二，一支由张梁率领驻扎于广宗，一支由张宝率领驻扎于下曲阳（今河北晋县东）。皇甫嵩领兵浩浩荡荡扑来，首先遇到了 张梁领导的广宗起义军。皇甫嵩屯兵坚城之下，一时没有办法破城。他与起义军交战经验丰富，眼见强攻不行，马上命令休兵一天，以寻找机会。起义军战斗多日， 疲劳过度，再加上看到敌军一日没有进攻，便放松了警惕。皇甫嵩趁着天黑之际将其部队调遣到广宗城下，天刚一亮就向起义军发起猛攻。沉睡中的起义军慌乱应 战，虽然奋起抵抗，可由于事起突然，始终未能扭转被动的局面。激战至早饭时，三万多黄巾战士英勇战死，主帅张梁也战死沙场。余下的五万多黄巾战士宁死不 屈，毅然跳下水流湍急的清河，被流水卷走。广宗的黄巾战士就这样失败了。打了胜仗的皇甫嵩大施淫威，他将天公将军张角从坟墓中掘出，开棺戮尸之后又残忍地 将其头颅割了下来，派人送往京师请功。由于广宗起义军失利，下曲阳地区的黄巾军就处于孤军奋战的局面了。十一月，皇甫嵩率领官军气势汹汹地杀奔下曲阳。张 宝率领起义军与官军展开了一场血战，最后张宝战死，很多起义军惨遭屠杀。皇甫嵩乘胜追击，消灭了下曲阳的起义军。
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